É o principal fórum deliberativo do movimento secundarista brasileiro. O Congresso Nacional da UBES é realizado a cada dois anos e é o momento em que estudantes secundaristas de todas as regiões do país||eleitos delegados em suas escolas||elegem a nova diretoria e presidente da UBES. O evento também determina os rumos da entidade para o próximo período. A participação é aberta a qualquer estudante do ensino fundamento||médio||técnico e pré-vestibular.
